北九州市と仙台市は小中学校のHPに無断リンク禁止の明示を義務付けたそうな。

リンクを禁止するのならクローズドなHPにすべきでしょうに。
そこまで強調したいのならば、リンク元が登録されていないサイトならば、通常HPではなく警告ページを表示するようなシステムを入れてみてはいかがでしょうか > 北九州と仙台の担当者。